Ab 1939 wurde auch ein Flug über den Nordatlantik angeboten, von New York nach Lissabon und Marseille. Der kurz darauf ausbrechende 2. Weltkrieg ließ die PanAm weiter aufblühen, da sie Transportleistungen für das Militär abrechnen konnte. Außerdem wurden Militärpiloten geschult.

Nach dem Krieg war die PanAm eine der drei Fluggesellschaften die über den Atlantik flogen: PanAm, TWA und die AOA . Letztere wurde später von PanAm übernommen. Der einträgliche Markt war vorteilhaft aufgeteilt.

1955 landete die PanAm dann den Jet-Coup, indem sie fast vom "Reissbrett weg" 20 Boeing 707 bestellte. Am 26.10 1958 wurde das Düsenzeitalter auch über dem Atlantik eingeläutet, indem eine 707 die Strecke von New York nach Paris in 8,5h Flugzeit absolvierte. Das Passagiervolumen wuchs auf dieser Strecke sehr schnell. Alle anderen Fluggesesllschaften waren gezwungen nachzuziehen und ebenfalls Düsenflugzeuge einzusetzen.

Die Gesellschaft entwickelte sich weiter und stellte auch eine Flotte von Boeing 747 in Betrieb. 1976 wurde der Typ Boeing 747SP dazu eingesetzt, mit ca. zwei Zwischenlandungen um die Welt zu fliegen. So ein Round the World Trip dauerte 46 h und kostete 1 Tausend $.

Ab 1980 geriet die Gesellschaft in wirtschaftliche Schieflage, als man auch nationale Strecken bedienen wollte. Dies wurde von der Regulierungsbehörde abgeleht, und so kaufte man überteuert die National Airlines . Um dieses wirtschaftliche Abenteuer zu überstehen, verkaufte man einen Großteil der Immobilien und Anteile an Firmen, letztlich sogar die Verkehrsrechte an den Pazifikstrecken. Als es dann noch am 21.12 1988 bei Lockerbie zu einem Attentat auf eine Boeing 747 mit dem Verlust aller Menschenleben an Bord und zahlreichen Toten am Boden kam, war das Schicksal der PanAm besiegelt. Nicht das Unglück als solches führte zu dem wirtschaftlichen Aus sondern vielmehr die Tatsache, dass PanAm als eine Art amerikanisches Statussymbol nunmehr auch alAbsicht möglicher Terroristen galt. Das Unternehmen galt bei den Passagieren daher nicht mehr als "sicher", die Fluggastzahlen gingen drastisch zurück.

1991 erlosch die traditionsreiche Firma und ging in der Delta Air Lines auf.

Eine besondere Stellung nahm PanAm nachdem Krieg in Deutschland ein. Denn aufgrund des alliierten Status der Stadt Berlin durften in der gesamten Stadt bis zur Wiedervereinigung 1990 keine deutschen Fluggesellschaften landen. Von einigen kleinen Ausnahmen abgesehen, waren es in erster Linie die staatlichen Fluggesellschaften der Alliierten, die den Flugverkehr zwischen Berlin und dem übrigen Bundesgebiet aufrecht erhielten, für die Amerikaner war dies PanAm. Ein Kuriosum ergab sich auch nachts in Frankfurt. Denn wenn dort die Luftpostmaschinen für den Flug in die deutschen Großstädte vorbereitet wurden, ließ sich schnell erkennen, welche Maschine die Post nach Berlin brachte: es war die, die nicht zur Lufthansa gehörte, es war die einzige PanAm-Maschine auf dem Rollfeld.

1931 stellte Pan Am das erste viermotorige Flugboot in Dienst und nannte dieses "American Clipper". Seitdem wurden alle mehrmotorigen Maschinen als "Clipper" getauft. Fortan trugen sie neben der offiziellen Registrierungsnummer auch einen Beinamen wie "Clipper Dallas". Die in dem Berlin-Verkehr eingesetzten Maschinen hatten vorwiegend Namen, die mit der Stadt in Verbindung gebracht werden konnten, wie beispielsweise der "Clipper Charlottenburg". Einzelne Namen waren bei Pan Am so beliebt, dass sie stets wieder erneut vergeben wurden, so wie der Name "Clipper America", mit dem gleich sechs Flugzeuge getauft wurden. Zu trauriger Berühmtheit gelangte vor allem die Maschine N739PA mit der Nennung "Clipper Maid of the Seas". Dieser Clipper war es, der über Lockerbie abstürzte.

Beim Anflug auf den Flughafen Tegel wird eine aus Frankfurt kommende Frachtmaschine vom Typ Boeing 727-21 um 02.42 Uhr in Dallgow (heute Landkreis Havelland) wenige Kilometer vor dem Absicht vom sowjetischen Militär abgeschossen. Normalerweise waren diese nächtlichen Flüge zur Landung in Tempelhof vorgesehen. Da dort die Landebahnen erneuert wurden, wich man vorübergehend auf Tegel aus. Der Flug Nummer 208, Clipper De Soto N317PA, hatte drei Besatzungsmitglieder, die beim Unglück ums Leben kamen. Die Sowjets geben ca. etwa 50 Prozent des Wracks zurück, Dinge wie Flugschreiber, Voicerecorder, Navigationssysteme bleiben jedoch bei den Militärs.

Beim Versuch, eine Maschine vom Typ Boeing 707-321B Clipper Celestial N407PA zu entführen, wird das Flugzeug gesprengt. 32 Menschen finden den Tod.

Aufgrund schlechter Sichtverhältnisse und mangelnder Kommunikation zwischen dem Flugpersonal und dem Cockpit stoßen auf der Rollbahn zwei Maschinen vom Typ Boeing 747 zusammen. Die PanAm Maschine, Clipper Victor N736PA Flugnummer 1736, wie auch die Maschine der KLM brannten dabei aus. Es starben 335 Menschen an Bord der PanAm Maschine sowie 248 KLM-Passagiere.

In den Vereinigte Staaten Amerika hat sich 1998 eine Fluggesellschaft (http://www.flypanam.com/) gegründet, die sowohl den Namen als auch das Logo von PanAm trägt, selbst die Flugzeuge sind im bekannten PanAm-Design gehalten. Dieses Unternehmen hat jedoch mit der historischen PanAm nichts gemeinsam. Die heutige PanAm bedient ausschließlich Strecken in Nordamerika. Logo und Name sind heute eingetragenes Warenzeichen der in New Hampshire, Vereinigte Staaten Amerika ansässigen Fluggesellschaft.

panamdoc.com (http://www.panamdoc.com/)Chronik der PanAm (englisch) Übersicht über die Clipper-Taufnamen der Flugzeuge (http://www.panamair.org/newsite/aircraft/clippernames.htm)